Nam Sudan được bao phủ bởi những cánh rừng nhiệt đới, đầm lầy và đồng cỏ. Sông Nin Trắng chảy dọc theo đất nước và nằm sát bên thủ đô Juba.[15] Nam Sudan là khu vực được bảo vệ vì nước này là nơi có số động vật hoang dã di trú lớn thứ hai trên thế giới. Các khảo sát đã phát hiện ra Công viên quốc gia Boma, ở biên giới phía tây giáp với Ethiopia, cũng như khu vực đầm lầy Sudd và Công viên quốc gia Miền Nam gần biên giới với CHDC Congo, là môi trường sống cho một số lượng lớn linh dương sừng cong, linh dương châu Phi, linh dương topi, trâu, hươu cao cổ, voi và sư tử. Các khu rừng tại Nam Sudan cũng là môi trường sinh sống của linh dương Bongo, lợn rừng khổng lồ, lợn sông đỏ, voi rừng, tinh tinh, và khỉ hoang. Các nghiên cứu bắt đầu năm 2005 do Hội Bảo tồn động vật hoang dã (WCS)cộng tác với chính phủ khu tự trị Miền Nam Sudan đã khám phá nhiều điều có ý nghĩa, việc suy giảm số lượng động vật hoang dã là có thực, nhưng đáng kinh ngạc là số linh dương di trú lên tới 1,3 triệu con ở phía đông nam vẫn chưa hề bị tách động.

Theo WWF, có một số vùng sinh thái trên khắp Miền Nam Sudan: Thảo nguyên Đông Sudan, Thảm rừng-tháo nguyên Bắc Congo, Đồng cỏ ngập nước Sahara (Sudd), Thảo nguyên cây Keo Sahelia, Rừng núi Đông Phi, và Đất hoang và cây bụi Keo-Mộc dược Miền Bắc.[16]